De Belgische biodiversiteitsstrategie moet een rol spelen in besluitvormingsprocessen en bekeken worden op besluitvormings- en planningsniveau. Bij de ontwikkeling van nieuwe plannen, programma's en wet- en regelgevingskaders moet vanaf de vroege stadia van het ontwerpproces rekening worden gehouden met de bezorgdheid over biodiversiteit.

Het biodiversiteitsbeleid moet niet worden gezien als onafhankelijk van sectoraal beleid, maar beide moeten elkaar ondersteunen: sectoraal beleid moet de uitvoering van nationale biodiversiteitsdoelstellingen ondersteunen, terwijl integratie van biodiversiteitsdoelstellingen gunstig moet zijn voor het sectorale beleid.

De sectorale integratie van biodiversiteit, of de „integratie” ervan, betekent de integratie van het behoud en duurzaam gebruik van biodiversiteit in zowel sectoroverschrijdende plannen zoals duurzame ontwikkeling, aanpassing aan de klimaatverandering/-mitigatie, handel, internationale samenwerking en armoedebestrijding, als in sectorspecifieke plannen zoals landbouw, visserij, bosbouw, mijnbouw, energie, toerisme, vervoer, de chemische industrie, financiën, wetenschapsbeleid en andere. Het impliceert veranderingen in ontwikkelingsmodellen, strategieën en denkpatronen.

Om de integratie van biodiversiteitsproblemen in besluitvorming en beleidsdiscussies in andere sectoren dan natuurbehoud te operationaliseren, zal de toepassing van sectorale richtlijnen inzake biodiversiteitsintegratie worden bevorderd. Het werk zal voortbouwen op bestaande instrumenten (zoals de Capacity Building-module van het CBD over Biodiversiteit Mainstreaming) en deze indien nodig aanpassen voor België. Het is ook uiterst belangrijk om voortdurend na te gaan of de wetgeving adequaat is om de doelstellingen van de Belgische biodiversiteitsstrategie te bevorderen. Het gebruik van participatieve benaderingen kan hierbij nuttig zijn.