Activiteiten met mogelijke negatieve effecten moeten worden geïdentificeerd en onderzocht om de exacte oorzaken en effecten van die activiteiten op de biodiversiteit te bepalen. Met deze analyses kunnen oplossingen (waaronder betere alternatieven) worden geïdentificeerd die de effecten van sectoraal beleid op biodiversiteit vermijden of tot een minimum beperken.

Activiteiten moeten worden gestimuleerd die een potentieel positief effect hebben op het behoud en duurzaam gebruik van biodiversiteit. Vroegtijdige discussies tussen de sectoren en biodiversiteitsdeskundigen kunnen helpen om dergelijke 'win-win' situaties te identificeren en de positieve interacties te verbeteren.

Door middel van duidelijke en wettelijk bindende regels mogen de bevoegde autoriteiten geen projecten en plannen goedkeuren die tot onomkeerbare schade zouden leiden voor de prioritaire elementen van biodiversiteit, tenzij dit gerechtvaardigd is om dwingende redenen van groot openbaar belang.

Daarom moeten procedures voor milieueffectrapportage (MER) en strategische milieubeoordeling (SEA) biodiversiteitscriteria bevatten en moeten ze verwijzen naar relevante nationale beleidsdocumenten zoals de Belgische biodiversiteitsstrategie, het CBD en biodiversiteitsgerelateerde verdragen en overeenkomsten. In dit verband moeten de begeleidingsdocumenten over de integratie van klimaatverandering en biodiversiteit in EIA en SEA, uitgegeven door de Europese Commissie (2013) in het kader van de MEA- en SEA-richtlijnen (zie hieronder), worden geïmplementeerd.

Om een participatief milieubeleid te bevorderen, is het belangrijk om de strategische planning (evaluatie van de effecten van plannen en programma's met betrekking tot het milieu) te koppelen aan inspraak van het publiek, zoals vereist door de Europese richtlijnen.

Het Verdrag inzake milieueffectrapportage in een grensoverschrijdende context (Espoo, 1991) en het bijbehorende protocol en de wijzigingen bevatten de verplichtingen van de partijen om de milieueffecten van bepaalde activiteiten in een vroeg stadium van het planningsproces te beoordelen. Het bevat ook de algemene verplichting voor individuele staten om elkaar op de hoogte te stellen van en te raadplegen over alle grote projecten die in overweging worden genomen en die waarschijnlijk een aanzienlijk negatief milieueffect zullen hebben over de nationale grenzen heen.

De beoordeling van de effecten die door projecten en plannen op biodiversiteit worden veroorzaakt, is al voorzien in het Europese wetgevingskader:

- Milieueffectrapportage Richtlijn 85/337/EEG is drie keer gewijzigd en is gecodificeerd door Richtlijn 2011/92/EU. De lidstaten moeten ervoor zorgen dat projecten die vanwege hun aard, omvang of locatie aanzienlijke effecten op het milieu kunnen hebben, worden onderworpen aan een beoordeling van hun milieueffecten.

- Artikel 6 van de Habitatrichtlijn vereist dat een passende beoordeling wordt uitgevoerd voor elk plan of project dat, alleen of in combinatie met andere plannen of projecten, waarschijnlijk een significant effect zal hebben op een Natura 2000-gebied.

- De richtlijn inzake strategische milieubeoordeling (2001/42/EG) vereist dat bepaalde plannen en programma's van de publieke sector aan een systematische milieubeoordeling worden onderworpen. In de SEA-richtlijn wordt biodiversiteit specifiek genoemd als een kwestie waarover in het milieurapport moet worden gerapporteerd.

Deze bepalingen zijn omgezet in het Belgische federale en regionale rechtskader. De initiatiefnemers van relevante projecten, plannen en programma's moeten echter begeleiding krijgen om te beoordelen of hun projecten, plannen en programma's waarschijnlijk significante effecten op de biodiversiteit zullen hebben en zo ja, of ze aan een SEA moeten worden onderworpen (bijvoorbeeld de ontwikkeling van richtlijnen of de oprichting van een adviescommissie met biodiversiteitsdeskundigen). Bovendien zou een reeks criteria inzake biodiversiteitsaspecten waarmee rekening moet worden gehouden bij de milieubeoordeling, dat wil zeggen in het evaluatieverslag, in dit verband ook nuttig kunnen zijn.