Es sollten Maßnahmen ergriffen werden, um die Auswirkungen von Prozessen und Aktivitäten zu verringern, die die biologische Vielfalt und die Ökosystemdienstleistungen bedrohen, wie sie in Ziel 2 identifiziert und gemäß Ziel 2 überwacht werden; dazu gehören zumindest die Zerstörung und Verschlechterung von Lebensräumen, Umweltverschmutzung, Übernutzung, die Ausbreitung invasiver gebietsfremder Arten, die Ausbreitung einiger GVO und der Klimawandel. So können beispielsweise die Luft-, Boden- und Wasserverschmutzung sowie die Eutrophierung und Versauerung von Gewässern verringert werden, indem Belange der biologischen Vielfalt in alle relevanten Umweltpolitiken (z. B. Produktpolitik, Wasserwirtschaftspolitik) einbezogen werden. Bei der Landnutzungsplanung sollte darauf geachtet werden, die Landumwandlung (ob für städtische, industrielle, landwirtschaftliche, Verkehrs- oder Tourismuszwecke) zu begrenzen, die zur Entwässerung feuchter Ökosysteme und zur Zerstörung, Degradierung und Fragmentierung von Lebensräumen führt.

Besondere Aufmerksamkeit sollte einer integrierten Kontrolle (einschließlich Handelskontrolle) der in die Umwelt freigesetzten Chemikalien, Pestizide, GVO und gebietsfremden Arten gelten. So sollten beispielsweise die Bekämpfung und Verringerung der durch Umweltverschmutzung verursachten Eutrophierung gefördert werden. Als weiterer Schritt könnte ein integriertes Wassermanagement einschließlich der Nordseeküsten (siehe Richtlinie 2000/60/EG im Bereich der Wasserpolitik; Glands-Konvention über Flüsse) und ein integriertes Küstenzonenmanagement (EU-Empfehlung 2002/413/EG zum IKZM) usw. eingeführt werden.