Des mesures devraient être prises pour réduire l'impact des processus et des activités menaçant la biodiversité et les services écosystémiques tels qu'identifiés et surveillés conformément à l'objectif 2, y compris au moins la destruction et la dégradation de l'habitat, la pollution, la surexploitation, la propagation d'espèces exotiques envahissantes, la propagation de certains OGM et le changement climatique. Par exemple, la pollution de l'air, du sol et de l'eau ainsi que l'eutrophisation et l'acidification de l'eau peuvent être réduites en intégrant les préoccupations liées à la biodiversité dans toutes les politiques environnementales pertinentes (par exemple, la politique des produits, les politiques de gestion de l'eau). L'aménagement du territoire devrait viser à limiter la conversion des terres (que ce soit à des fins urbaines, industrielles, agricoles, de transport ou touristiques), qui entraîne le drainage des écosystèmes humides et la destruction, la dégradation et la fragmentation des habitats.

Une attention particulière devrait être accordée à un contrôle intégré (y compris le contrôle commercial) des produits chimiques, des pesticides, des OGM et des espèces exotiques disséminés dans l'environnement. À titre d'exemple, il convient de promouvoir le contrôle et la réduction de l'eutrophisation à l'origine de la pollution. Une autre étape pourrait être franchie en mettant en œuvre une gestion intégrée de l'eau, y compris les côtes de la mer du Nord (voir la directive 2000/60/CE dans le domaine de la politique de l'eau ; la convention de Gland sur les rivières) et une gestion intégrée des zones côtières (recommandation de l'UE 2002/413/CE sur la GIZC), etc.