Die wichtigsten Flüsse des Landes sind Drini, Buna, Mati, Shkumbini, Semani, Vjosa, Erzeni, Ishmi, Bistrica dhe Pavllo, die in 6 Hauptflussbecken zusammengefasst sind. Sie haben einen wichtigen Einfluss auf den Naturzustand des Landes und einen direkten Einfluss auf die biologische Vielfalt der Küsten.
Von großer Bedeutung sind auch die Gebirgsflüsse und Bäche, die viele besondere Lebensräume und endemische Arten beherbergen.