De belangrijkste rivieren in het land zijn Drini, Buna, Mati, Shkumbini, Semani, Vjosa, Erzeni, Ishmi, Bistrica dhe Pavllo, gegroepeerd in 6 grote stroomgebieden. Ze hebben een belangrijk effect op de natuurlijke toestand van het land en hebben een directe invloed op de biodiversiteit aan de kust.
Van groot belang zijn ook de bergrivieren en -beken aanwezig die veel speciale habitats en endemische soorten bevatten.