Er moeten maatregelen worden genomen om de impact te verminderen van processen en activiteiten die de biodiversiteit en ecosysteemdiensten bedreigen, zoals geïdentificeerd door en gemonitord in overeenstemming met doelstelling 2, waaronder ten minste vernietiging en degradatie van habitats, vervuiling, overexploitatie, de verspreiding van invasieve uitheemse soorten, de verspreiding van sommige GGO's en klimaatverandering. Lucht-, bodem- en waterverontreiniging en watereutrofiëring en -verzuring kunnen bijvoorbeeld worden verminderd door biodiversiteitsproblemen te integreren in alle relevante milieubeleidsmaatregelen (bijvoorbeeld productbeleid, waterbeheerbeleid). Ruimtelijke ordening moet gericht zijn op het beperken van landconversie (of het nu voor stedelijke, industriële, agrarische, vervoers- of toeristische doeleinden is), wat leidt tot de afvoer van natte ecosystemen en de vernietiging, degradatie en versnippering van habitats.

Bijzondere aandacht moet worden besteed aan een geïntegreerde bestrijding (inclusief handelscontrole) van chemische stoffen, pesticiden, GGO's en uitheemse soorten die in het milieu worden uitgestoten. De beheersing en vermindering van milieuveroorzakende eutrofiëring moet bijvoorbeeld worden bevorderd. Een andere stap zou kunnen worden gezet door een geïntegreerd waterbeheer in te voeren, met inbegrip van de Noordzeekusten (zie Richtlijn 2000/60/EG op het gebied van waterbeleid; Glandverdrag inzake rivieren), en een geïntegreerd beheer van kustgebieden (EU-aanbeveling 2002/413/EG over ICZM), enz.