Les principaux fleuves du pays sont le Drini, le Buna, le Mati, le Shkumbini, le Semani, le Vjosa, l'Erzeni, l'Ishmi, le Bistrica dhe Pavllo, regroupés en 6 bassins fluviaux principaux. Ils ont un effet important sur l'état de la nature du pays et une influence directe sur la biodiversité côtière.
Les rivières et ruisseaux de montagne, qui abritent de nombreux habitats spéciaux et des espèces endémiques, revêtent également une grande importance.