Die Agrar- und Umweltpolitik muss den Landwirten ergänzende Signale geben, wenn umweltverträgliche landwirtschaftliche Praktiken in ausreichendem Maße angewendet werden sollen. Eine neue Politik für die ländliche Entwicklung wurde 1999 als zweite Säule der GAP eingeführt. Diese zweite Säule der GAP soll die Markt- und Einkommenspolitik („erste Säule“) durch finanzielle Unterstützung für Landwirte ergänzen, um die ländlichen Strukturen zu beeinflussen. In ihrer überarbeiteten Fassung für den Zeitraum 2014-2020 umfasst die Politik zur Entwicklung des ländlichen Raums immer noch wichtige Maßnahmen, die die biologische Vielfalt fördern, wie Agrarumweltmaßnahmen, Ausgleichsregelungen in Natura-2000-Gebieten, Beihilfen für die ökologische Waldbewirtschaftung usw. Sie müssen im Rahmen eines nationalen (regionalen) Entwicklungsprogramms für den ländlichen Raum geplant werden und werden von der EU kofinanziert. Diese Maßnahmen können ein nützliches Finanzinstrument für Landwirte sein, die aufgrund der Einhaltung der geltenden Vorschriften mit einem Einkommensrückgang konfrontiert sind.

Eine der sechs Prioritäten der Union für die ländliche Entwicklung im Zeitraum 2014-2020 ist die Wiederherstellung, Erhaltung und Verbesserung der land- und forstwirtschaftlichen Ökosysteme, wobei ein Schwerpunkt auf der „Wiederherstellung, Erhaltung und Verbesserung der biologischen Vielfalt, auch in Natura-2000-Gebieten, Gebieten mit natürlichen oder anderen spezifischen Einschränkungen und landwirtschaftlicher Landwirtschaft mit hohem Naturwert, und der Zustand der europäischen Landschaften“ liegt. Außerdem müssen mindestens 30% des Budgets der Programme zur Entwicklung des ländlichen Raums für Agrarumweltmaßnahmen, die Unterstützung des ökologischen Landbaus, forstwirtschaftliche Maßnahmen oder Projekte im Zusammenhang mit umweltfreundlichen Investitions- oder Innovationsmaßnahmen bereitgestellt werden. Agrarumweltmaßnahmen sind für alle Programme verbindlich und werden verstärkt werden, um umweltfreundlichere Praktiken zu ergänzen. Mit diesen Maßnahmen müssen höhere Umweltschutzziele festgelegt und erreicht werden (Garantie gegen Doppelfinanzierung).

Ein weiteres wichtiges Instrument der Regulierung der ländlichen Entwicklung zur Förderung der Einbeziehung der biologischen Vielfalt, das die Mitgliedstaaten nutzen können, ist die Unterstützung „unproduktiver Investitionen“. Gefördert werden könnten Investitionen im Zusammenhang mit der Erreichung von Agrarumwelt- und Klimazielen, einschließlich des Erhaltungszustands der biologischen Vielfalt von Arten und Lebensräumen, sowie der Erhöhung des öffentlichen Freizeitwerts eines Natura-2000-Gebiets oder anderer Systeme mit hohem Naturschutzwert, die im Programm festgelegt werden.

Eine Priorität dieser Strategie besteht daher darin, Aspekte der biologischen Vielfalt besser und klarer in aktuelle und zukünftige Pläne zur Entwicklung des ländlichen Raums zu integrieren. Insbesondere die Ausarbeitung der Pläne zur Entwicklung des ländlichen Raums für den Zeitraum 2014-2020 wird eine Gelegenheit sein, die Berücksichtigung der biologischen Vielfalt in diese Pläne auf belgischer Ebene zu optimieren.

Darüber hinaus müssen die Politiken für den Naturschutz und die ländliche Entwicklung die Verpflichtungen der Kiewer Entschließung zur biologischen Vielfalt (2003) berücksichtigen, in der (i) anhand vereinbarter gemeinsamer Kriterien alle Gebiete mit hohem Naturwert (HNV) in landwirtschaftlichen Ökosystemen in der gesamteuropäischen Region ausgewiesen werden und (ii) deren biodiversitätsfreundliche Bewirtschaftung durch geeignete Maßnahmen (z. B. Instrumente der ländlichen Entwicklung) vorgesehen ist. Die Benennung von HNV und die Integration von Ad-hoc-Schutzinstrumenten sollten vollständig in den Entwicklungsplan für den ländlichen Raum aufgenommen werden.