Die Erhaltung eines günstigen Erhaltungszustands der biologischen Vielfalt setzt die Erhaltung einer ausreichenden Menge, Qualität und Konnektivität von Lebensräumen für Land-, Süßwasser- und Meeresarten voraus, wobei der Schwerpunkt auf prioritären Arten liegt, die in Ziel 1 definiert werden. Die Rehabilitation von Arten und die Wiederherstellung von Ökosystemen erfolgt hauptsächlich durch die Wiederherstellung von Lebensräumen, die hinsichtlich der Zusammensetzung der Pflanzen-, Tier- und Mikrobengemeinschaften, der Ökosystemfunktion und der Stabilität den Zielgemeinschaften ähneln.

Im Rahmen der Strategie werden sowohl neue als auch bestehende Maßnahmen zur Erhaltung und Wiederherstellung genutzt, indem gegebenenfalls spezifische Aktionspläne für Arten, Lebensräume oder lokale Gebiete (z. B. Schutzgebiete) ausgearbeitet und umgesetzt werden.