Die Konferenz der Vertragsparteien ist das Leitungsgremium des Übereinkommens und fördert die Umsetzung des Übereinkommens durch die Beschlüsse, die sie auf ihren regelmäßigen Tagungen trifft.

Bisher hat die Konferenz der Vertragsparteien 14 ordentliche Tagungen abgehalten, und eine außerordentliche Sitzung (letztere, die der Verabschiedung des Protokolls über die biologische Sicherheit diente, fand in zwei Teilen statt). Von 1994 bis 1996 hielt die Konferenz der Vertragsparteien jährlich ihre ordentlichen Tagungen ab. Seitdem fanden diese Tagungen etwas seltener statt und werden nach einer Änderung der Geschäftsordnung im Jahr 2000 nun alle zwei Jahre abgehalten.

Die fünfzehnte Sitzung der Konferenz der Vertragsparteien (COP 15) wird in Kunming, China, stattfinden. Der Termin muss noch bestätigt werden.