Zodra overeenstemming is bereikt over een gemeenschappelijke methode om componenten van biodiversiteit te identificeren waarvoor dringende beschermingsmaatregelen nodig zijn, zullen lijsten van prioritaire habitats, soorten en genetische componenten worden opgesteld. Bedreigde soorten en ecosystemen zouden baat moeten hebben bij een adequaat langetermijnbeleid, en het herstel van aangetaste habitats zou de bescherming van bedreigde en zeldzame soorten moeten bevorderen, evenals het herstel van soorten die uit ons land verdwenen zijn. Bijzondere aandacht zal worden besteed aan wetlands die ernstig worden bedreigd.

Vanuit het oogpunt van soortenbehoud betekent het verlies van lokale populaties een verlies van genetische diversiteit, wat op zijn beurt kan resulteren in een verlies van veerkracht tegen veranderingen in het milieu, d.w.z. het vermogen om weerstand te bieden tegen, of te herstellen van, natuurlijke en door de mens veroorzaakte druk.

Lijsten van de meest gevoelige (bedreigde, kwetsbare en zeldzame) soorten en ecosystemen die bijzondere aandacht behoeven (opgenomen in Natura 2000 op EU-niveau) zullen worden gebruikt en aangepast aan de Belgische context. Het is ook belangrijk om rekening te houden met de specificiteit van Belgische ecosystemen/soorten en om de elementen van biodiversiteit te identificeren die zeldzaam zijn, in het bijzonder met uitsterven bedreigd, kwetsbaar of van bijzonder belang zijn (voor het functioneren van ecosystemen; symbolisch belang; cultureel belang) op Belgisch niveau. Belgische regionale en nationale rode lijsten van bedreigde soorten bestaan al en zouden kunnen worden gebruikt voor deze samenstelling van prioritaire soorten. Voor het mariene milieu is een lijst van prioritaire soorten en habitats ontwikkeld in een internationaal kader (OSPAR). Nationale rode lijsten en gerelateerde synthetische indicatoren zijn erg handig, bijvoorbeeld voor rapportage aan de EU, de OESO en de IUCN en andere organisaties.