Landbouw- en milieubeleid moet landbouwers aanvullende signalen geven om milieuverantwoorde landbouwpraktijken in voldoende mate toe te passen. In 1999 werd een nieuw beleid voor plattelandsontwikkeling geïntroduceerd als tweede pijler van het GLB. Deze tweede pijler van het GLB heeft tot doel het markt- en inkomensbeleid („eerste pijler”) te begeleiden door financiële steun te verlenen aan landbouwers om de plattelandsstructuren te beïnvloeden. In de herziene versie voor de periode 2014-2020 bevat het plattelandsontwikkelingsbeleid nog steeds belangrijke biodiversiteitsvriendelijke maatregelen, zoals agromilieumaatregelen, compenserende regelingen in Natura 2000-gebieden, steun voor ecologisch bosbeheer, enz. Deze moeten worden gepland in het kader van een nationaal (regionaal) plattelandsontwikkelingsprogramma en worden medegefinancierd door de EU. Deze maatregelen kunnen een nuttig financieel instrument zijn voor landbouwers die te maken hebben met een daling van het inkomen omdat ze voldoen aan de gestelde voorschriften.

Een van de zes prioriteiten van de Unie voor plattelandsontwikkeling in de periode 2014-2020 is het herstellen, behouden en verbeteren van ecosystemen die verband houden met land- en bosbouw, met één aandachtsgebied op „herstel, behoud en verbetering van de biodiversiteit, onder meer in Natura 2000-gebieden, gebieden met natuurlijke of andere specifieke beperkingen en landbouw met een hoge natuurwaarde, en de toestand van de Europese landschappen”. Bovendien moet ten minste 30% van het budget van de plattelandsontwikkelingsprogramma's worden toegewezen aan agromilieumaatregelen, steun voor biologische landbouw, bosbouwmaatregelen of projecten die verband houden met milieuvriendelijke investerings- of innovatiemaatregelen. Agromilieumaatregelen zijn verplicht voor alle programma's en zullen worden geïntensiveerd als aanvulling op de vergroeningspraktijken. In deze maatregelen zullen hogere milieubeschermingsdoelstellingen moeten worden vastgesteld en gehaald (garantie tegen dubbele financiering).

Een ander belangrijk instrument in de regelgeving voor plattelandsontwikkeling ter bevordering van de integratie van biodiversiteit dat de lidstaten eventueel willen gebruiken, is de steun voor „niet-productieve investeringen”. Er zou steun kunnen worden verleend aan investeringen die verband houden met de verwezenlijking van agromilieu- en klimaatdoelstellingen, waaronder de staat van instandhouding van de biodiversiteit van soorten en habitats, alsmede het verhogen van de openbare voorzieningswaarde van een Natura 2000-gebied of andere systemen met een hoge natuurwaarde die in het programma moeten worden gedefinieerd.

Daarom is een van de prioriteiten van deze strategie om biodiversiteitsaspecten beter en duidelijker te integreren in huidige en toekomstige plannen voor plattelandsontwikkeling. Met name de uitwerking van plannen voor plattelandsontwikkeling voor de periode 2014-2020 zal een gelegenheid zijn om de integratie van biodiversiteit in deze plannen op Belgisch niveau te stroomlijnen.

Bovendien moet in het beleid voor natuurbehoud en plattelandsontwikkeling rekening worden gehouden met de toezeggingen van de resolutie van Kiev over biodiversiteit (2003), die voorziet in (i) de identificatie, op basis van overeengekomen gemeenschappelijke criteria, van alle gebieden met een hoge natuurwaarde (HNV) in landbouwecosystemen in de pan-Europese regio en (ii) hun biodiversiteitsvriendelijk beheer door middel van passende maatregelen (bijvoorbeeld instrumenten voor plattelandsontwikkeling). De aanwijzing van HNV en de integratie van ad-hocbeschermingsinstrumenten moeten volledig worden geïmplementeerd in het Plattelandsontwikkelingsplan.