De volledige en effectieve uitvoering van veel van de acties die zijn geïdentificeerd in de Belgische biodiversiteitsstrategie vereist een aanzienlijke verbetering van de kennis en het inzicht in de Belgische biodiversiteits- en ecosysteemdiensten die worden geleverd. Methodologieën om biodiversiteit en ecosysteemdiensten te waarderen, waaronder de ecologische aspecten die verband houden met de structuur en functies van ecosystemen, de sociaaleconomische aspecten en de monetaire aspecten, worden ontwikkeld, met name ter ondersteuning van operationele doelstelling 5.11. Er is ook meer onderzoek nodig naar biodiversiteit op genetisch, soort- en ecosysteemniveau, terwijl de peer-reviewed resultaten van dit onderzoek snel verspreid moeten worden om adaptief beheer mogelijk te maken.

Het is duidelijk dat verschillende kwesties in de Belgische biodiversiteitsstrategie onmiddellijke actie vereisen, bijvoorbeeld om onmiddellijke bedreigingen te verhelpen waarvoor er onvoldoende tijd is om diepgaand onderzoek mogelijk te maken ter ondersteuning van reddingsacties. Aan de andere kant kunnen dergelijke onmiddellijke acties bij gebrek aan uitgebreide onderzoeksgegevens mislukken of negatieve, onverwachte bijwerkingen veroorzaken. Het is daarom van essentieel belang om onderzoeksprojecten zo te ontwerpen dat de verwachte resultaten als leidraad kunnen dienen voor en ondersteuning van onmiddellijke acties, en ook gegevens kunnen genereren die kunnen helpen bij het plannen en bereiken van het behoud en beheer van biodiversiteit op lange termijn.

Belangrijke onderzoeksimpulsen zijn vereist op het gebied van taxonomie en ecologie, waaronder inventarisatieprojecten, protocollen voor snelle biodiversiteitsbeoordeling en programma's voor langetermijnmonitoring, evenals in gedetailleerde ad-hocbeschermingsinitiatieven (bijvoorbeeld in natuurreservaten en andere beschermde gebieden). Het opstellen van thematische inventarissen (biodiversiteit in de landbouw, biodiversiteit van medicinale planten) moet worden bevorderd, evenals het opstellen van een nauwkeurige cartografie van planten die verband houden met potentieel dreigende GMO-culturen.

Specifiek onderzoek moet ook gericht zijn op de verbanden tussen onder meer biodiversiteit en gezondheid, biodiversiteit en klimaatverandering, in termen van potentieel en kansen om biodiversiteit te behouden en duurzaam te gebruiken.