De doelstellingen van het MARBENA-project waren:

• de infrastructuur creëren voor onderzoek naar mariene biodiversiteit in Europa, door een pan-Europees netwerk van mariene wetenschappers op te richten; de wetenschap verbeteren door de bestaande expertise en infrastructuur te catalogiseren, door de kwesties die op het spel staan te definiëren en te prioriteren; jonge wetenschappers een intellectueel aantrekkelijke omgeving bieden en een discussieforum voor iedereen
• bewustzijn creëren over de kwesties die op het spel staan en de zichtbaarheid van onderzoek naar mariene biodiversiteit in Europa vergroten: communiceren met EU-beleidsmakers en politici (presentatie van mariene biodiversiteitskwesties op de bijeenkomsten van het Europees Platform voor Biodiversiteitsonderzoek), contacten onderhouden met wereldwijde organisaties en programma's, en verspreiding van informatie onder het grote publiek.