Het effect van recreatievisserij op zee op visbestanden of op andere elementen van de mariene biodiversiteit is nog niet beoordeeld. Op dit moment is het recreatief vissen met kieuwnetten op zee verboden om de bijvangst van vogels en zeezoogdieren te beperken. In de MPA „Vlaamse Banken”, die ongeveer 1/3 van het Belgische deel van de Noordzee beslaat, zijn alle recreatievisserijen met bodemstorend vistuig verboden.

Waar de binnenwatervisserij ook plaatsvindt, moet de kwaliteit van het ecosysteem worden gerespecteerd door onnodige, inefficiënte of schadelijke visbestanden te vermijden (overbevoorrading, vijvers die verbonden zijn met andere waterlichamen, enz.). Waar nodig moet bij het planten van inheemse vissen rekening worden gehouden met de lokale genetische stammen en de populatiestructuur. Populaties van soorten die niet van belang zijn voor de visserij, moeten worden gerespecteerd. Het uitzetten van niet-inheemse soorten moet worden vermeden om de introductie en verspreiding van invasieve uitheemse soorten te voorkomen. Introgressie van wilde vispopulaties door gedomesticeerde vissoorten moet worden voorkomen. Overmatig aas en daaruit voortvloeiende dystrofiëring moeten worden vermeden, vooral in meren en stuwmeren. Bovendien moet het toezicht op deze activiteiten worden versterkt.

De planning en het herstel van binnenwatersystemen moeten worden bevorderd: door biomanipulatie kan de visserij bijdragen aan het herstel van heldere watersystemen met macrofyten en een hoge soortenrijkdom in plaats van slechte en banale troebele watersystemen die worden gekenmerkt door algenbloei. Bij het opslaan van vis moet een evenwicht worden bereikt tussen de draagkracht van aquatische ecosystemen en de omvang en structuur van de vispopulaties om systemen voor helder water te bevorderen en zo troebele watersystemen met een slechte soortendiversiteit te voorkomen. Het opslaan van poelen moet worden vermeden: ze zijn te klein om grote vispopulaties te vervoeren. Verder moet het onderhoud en de aanleg van visvrije vijvers worden bevorderd voor specifieke biota, bijvoorbeeld amfibieën.