Het compensatiebeginsel is opgenomen in de tien leidende beginselen voor de uitvoering van de NBS (zie deel III). Hoewel compensatie voor verslechterde habitats een wettelijke vereiste is van de EU-vogel- en habitatrichtlijnen in geval van schade aan Natura 2000, bestaat er geen expliciete EU-vereiste voor compensatie van onvermijdelijke resteffecten op soorten, habitats en ecosysteemdiensten die niet onder Natura 2000 vallen, wat leidt tot nettoverliezen. De richtlijn inzake milieuaansprakelijkheid dekt geen schade aan beschermde soorten, habitats en aanverwante diensten wanneer daarvoor toestemming is verleend door een plan of een vergunning in overeenstemming met de EU- of nationale natuurbeschermingswetgeving. Daarom moeten verdere maatregelen worden genomen om een bredere benadering van biodiversiteit en ecosysteemdiensten zonder nettoverlies te bevorderen wanneer schade wordt veroorzaakt door een goedgekeurd plan of project (EU-biodiversiteitsstrategie, actie 7).

België zal het werk van de Commissie op de voet volgen (in het kader van het gemeenschappelijk uitvoeringskader van de EU) om het principe van „geen nettoverlies” en het bereik ervan duidelijk te definiëren, ervoor te zorgen dat er voldoende waarborgen worden getroffen om de biodiversiteit en ecosysteemdiensten te behouden en tegelijkertijd drift/misbruik te vermijden, en zal voorstellen doen voor de implementatie ervan in het land. Om echte gelijkwaardigheid tussen ecosystemen en diensten te garanderen, zal België de literatuuraanbevelingen herzien en er rekening mee houden bij het definiëren van de richtlijnen voor de implementatie van het „geen nettoverlies” -principe in het land.

Volgens Born et al. (2012) moeten compensatie- of compensatiemechanismen onder andere de volgende principes respecteren:

In ieder geval mogen volgens het beginsel van preventieve maatregelen (zie deel III) de schade en de vergoeding ervan alleen worden toegestaan als er geen ander redelijk alternatief kan worden gevonden om de doelstellingen van het schadeplan of project te bereiken, en nadat de passende mitigerende maatregelen zijn toegepast. De autoriteiten moeten daarom de te nemen maatregelen volgens de volgende hiërarchie selecteren: in de eerste plaats vermijdingsmaatregelen, dan mitigerende maatregelen (minimalisatie) en ten slotte, als laatste redmiddel, noodzakelijke compenserende maatregelen.