À ce jour, aucune méthodologie permettant d'identifier les éléments prioritaires de la biodiversité belge n'est disponible au niveau national. Les Régions gèrent la biodiversité selon leurs propres critères et priorités. Des normes communes peuvent néanmoins être élaborées et il est donc utile de comparer les méthodes de surveillance des différentes régions. La méthodologie pourrait envisager de procéder à l'identification des composantes prioritaires de la biodiversité sur la base d'une approche biorégionale en décidant de choisir les composantes de la biodiversité les plus menacées de disparition, ou les espèces qui revêtent une importance particulière pour le fonctionnement des écosystèmes vulnérables, ainsi qu'un certain nombre d'espèces phares pour la Belgique.