Une fois qu'une méthodologie commune pour identifier les éléments de la biodiversité nécessitant des mesures de protection urgentes aura été convenue, des listes d'habitats, d'espèces et de composants génétiques prioritaires seront établies. Les espèces et les écosystèmes menacés devraient bénéficier d'une politique à long terme adéquate, et la restauration des habitats dégradés devrait favoriser la protection des espèces menacées et rares ainsi que le rétablissement d'espèces disparues de notre pays. Une attention particulière sera accordée aux zones humides qui sont gravement menacées.

Du point de vue de la conservation des espèces, la perte de populations locales implique une perte de diversité génétique, qui peut à son tour entraîner une perte de résilience aux changements environnementaux, c'est-à-dire la capacité à résister aux pressions naturelles et induites par l'homme ou à s'en remettre.

Les listes des espèces et des écosystèmes les plus sensibles (menacées, vulnérables et rares) qui nécessitent une attention particulière (incluses dans Natura 2000 au niveau de l'UE) seront utilisées et adaptées au contexte belge. Il est également important de prendre en compte la spécificité des écosystèmes/espèces belges et d'identifier les éléments de la biodiversité qui sont rares, particulièrement menacés d'extinction, vulnérables ou revêtant une importance particulière (pour le fonctionnement des écosystèmes ; importance symbolique ; importance culturelle) au niveau belge. Des listes rouges régionales et nationales belges des espèces menacées existent déjà et pourraient être utilisées pour cette compilation des espèces prioritaires. Pour l'environnement marin, une liste d'espèces et d'habitats prioritaires a été élaborée dans un cadre international (OSPAR). Les listes rouges nationales et les indicateurs synthétiques associés sont très utiles, par exemple pour les rapports destinés à l'UE, à l'OCDE, à l'UICN et à d'autres organisations.