Le maintien de la biodiversité dans un état de conservation favorable implique le maintien d'une quantité, d'une qualité et d'une connectivité suffisantes des habitats pour les espèces terrestres, d'eau douce et marines, en mettant l'accent sur les espèces prioritaires définies par l'objectif 1. La réhabilitation des espèces et la restauration des écosystèmes se font principalement en recréant des habitats qui ressemblent aux communautés cibles en termes de composition des communautés végétales, animales et microbiennes, de fonction et de stabilité des écosystèmes.

La stratégie capitalisera sur les efforts de conservation et de restauration nouveaux et existants, en élaborant et en mettant en œuvre des plans d'action spécifiques pour les espèces, les habitats ou les zones locales (par exemple les zones protégées), selon le cas.