Le principe de compensation est inclus dans les dix principes directeurs pour la mise en œuvre du NBS (voir partie III). Alors que l'indemnisation des habitats détériorés est une exigence légale des directives de l'UE sur les oiseaux et les habitats en cas de dommages causés à Natura 2000, aucune exigence explicite de l'UE n'impose de compensation des impacts résiduels inévitables sur les espèces, les habitats et les services écosystémiques qui ne sont pas couverts par Natura 2000, ce qui entraîne des pertes nettes. La directive sur la responsabilité environnementale ne couvre pas les dommages causés aux espèces protégées, aux habitats et aux services connexes lorsqu'ils ont été autorisés par un plan ou une licence conformément à la législation européenne ou nationale sur la conservation de la nature. Des mesures supplémentaires devraient donc être prises pour promouvoir une approche plus large d'absence de perte nette en matière de biodiversité et de services écosystémiques lorsque des dommages sont causés par un plan ou un projet autorisé (stratégie de l'UE en matière de biodiversité, action 7).

La Belgique suivra de près les travaux de la Commission (dans le cadre commun de mise en œuvre de l'UE) pour définir clairement le principe « aucune perte nette », sa portée, en veillant à ce que des garanties suffisantes soient mises en place pour préserver la biodiversité et les services écosystémiques tout en évitant toute dérive ou abus, et fera des propositions pour sa mise en œuvre dans le pays. Afin de garantir une réelle équivalence entre les écosystèmes et les services, la Belgique examinera et prendra en compte les recommandations de la littérature lors de la définition des lignes directrices pour la mise en œuvre du principe « aucune perte nette » dans le pays.

Selon Born et al. (2012), les mécanismes de compensation ou de compensation devraient notamment respecter les principes suivants :

Dans tous les cas, conformément au principe de l'action préventive (voir partie III), le dommage et son indemnisation ne devraient être autorisés que si aucune autre alternative raisonnable ne peut être trouvée pour atteindre les objectifs du plan ou du projet dommageable, et après avoir appliqué les mesures d'atténuation appropriées. Les autorités devraient donc sélectionner les mesures à prendre selon la hiérarchie suivante : en priorité, les mesures d'évitement, puis les mesures d'atténuation (minimisation), et enfin, en dernier recours, les mesures de compensation nécessaires.