Les politiques agricoles et environnementales doivent donner aux agriculteurs des signaux complémentaires si l'on veut appliquer des pratiques agricoles respectueuses de l'environnement dans une mesure suffisante. Une nouvelle politique de développement rural a été introduite en 1999 en tant que deuxième pilier de la PAC. Ce deuxième pilier de la PAC vise à accompagner la politique du marché et des revenus (« premier pilier ») en fournissant une aide financière aux agriculteurs afin d'influencer les structures rurales. Dans sa version révisée pour la période 2014-2020, la politique de développement rural inclut toujours d'importantes mesures favorables à la biodiversité, telles que des mesures agroenvironnementales, des régimes compensatoires dans les sites Natura 2000, des aides à la gestion écologique des forêts, etc. Elles doivent être programmées par un programme national (régional) de développement rural et sont cofinancées par l'UE. Ces mesures peuvent constituer un instrument financier utile pour les agriculteurs confrontés à une baisse de revenus en raison du respect des réglementations en vigueur.

L'une des six priorités de l'Union en matière de développement rural pour la période 2014-2020 est la restauration, la préservation et l'amélioration des écosystèmes liés à l'agriculture et à la sylviculture, l'un des domaines prioritaires étant « la restauration, la préservation et le renforcement de la biodiversité, y compris dans les zones Natura 2000, les zones soumises à des contraintes naturelles ou autres contraintes spécifiques et l'agriculture à haute valeur naturelle, et l'état des paysages européens ». En outre, au moins 30 % du budget des programmes de développement rural devront être alloués à des mesures agroenvironnementales, au soutien à l'agriculture biologique, à des mesures forestières ou à des projets associés à des investissements respectueux de l'environnement ou à des mesures d'innovation. Les mesures agroenvironnementales sont obligatoires pour tous les programmes et seront renforcées pour compléter les pratiques écologiques. Ces mesures devront fixer et atteindre des objectifs de protection de l'environnement plus élevés (garantie contre le double financement).

Un autre outil important de la réglementation du développement rural visant à promouvoir l'intégration de la biodiversité que les États membres peuvent choisir d'utiliser est le soutien aux « investissements non productifs ». Un soutien pourrait être accordé aux investissements liés à la réalisation d'objectifs agroenvironnementaux et climatiques, notamment l'état de conservation de la biodiversité des espèces et des habitats, ainsi que l'amélioration de la valeur d'agrément public d'une zone Natura 2000 ou d'autres systèmes à haute valeur naturelle à définir dans le programme.

L'une des priorités de cette stratégie est donc d'intégrer mieux et plus clairement les aspects liés à la biodiversité dans les plans de développement rural actuels et futurs. En particulier, l'élaboration de plans de développement rural pour la période 2014-2020 sera l'occasion de rationaliser l'intégration de la biodiversité dans ces plans au niveau belge.

En outre, les politiques de conservation de la nature et de développement rural doivent tenir compte des engagements de la résolution de Kiev sur la biodiversité (2003) qui prévoit (i) l'identification, sur la base de critères communs convenus, de toutes les zones à haute valeur naturelle (HNV) des écosystèmes agricoles de la région paneuropéenne et (ii) leur gestion respectueuse de la biodiversité grâce à des mesures appropriées (par exemple des instruments de développement rural). La désignation du VHN et l'intégration d'outils de protection ad hoc devraient être pleinement mises en œuvre dans le plan de développement rural.