L'impact de la pêche récréative en mer sur les stocks de poissons ou sur d'autres éléments de la biodiversité marine n'a pas encore été évalué. À l'heure actuelle, la pêche récréative en mer au filet maillant est interdite afin de limiter les prises accessoires d'oiseaux et de mammifères marins. Dans la zone de protection marine « Vlaamse Banken », qui couvre environ un tiers de la partie belge de la mer du Nord, toute pêche récréative utilisant des engins perturbant les fonds marins est interdite.

Où qu'elle soit pratiquée, la pêche en eaux intérieures doit respecter la qualité de l'écosystème en évitant les ensemencements inutiles, inefficaces ou nocifs (surpeuplement, étangs reliés à d'autres plans d'eau, etc.). Si nécessaire, la plantation de poissons indigènes doit respecter les souches génétiques locales et la structure des populations. Les populations d'espèces ne présentant aucun intérêt pour la pêche devraient être respectées. L'ensemencement d'espèces non indigènes doit être évité afin de prévenir l'introduction et la propagation d'espèces exotiques envahissantes. L'introgression de populations de poissons sauvages par des souches domestiques de poissons doit être évitée. Les appâts excessifs et la dystrophication qui en résulte doivent être évités, en particulier dans les lacs et les réservoirs. En outre, le suivi de ces activités devrait être renforcé.

La planification et la restauration des systèmes d'eaux intérieures devraient être encouragées : grâce à la biomanipulation, la pêche peut contribuer à la réhabilitation des systèmes d'eau claire contenant des macrophytes et une grande richesse en espèces au lieu de systèmes d'eau turbides pauvres et banals caractérisés par des proliférations d'algues. L'ensemencement des poissons devrait atteindre un équilibre entre la capacité de charge des écosystèmes aquatiques et la taille et la structure des populations de poissons afin de promouvoir des systèmes d'eau claire, évitant ainsi les systèmes d'eau troubles présentant une faible diversité d'espèces. L'ensemencement des fosses doit être évité car elles sont trop petites pour accueillir des populations de gros poissons. En outre, l'entretien et la création d'étangs exempts de poissons devraient être encouragés pour des biotes spécifiques, par exemple les amphibiens.