Les objectifs du projet MARBENA étaient les suivants :

• créer l'infrastructure pour la recherche sur la biodiversité marine en Europe, en créant un réseau paneuropéen de scientifiques marins ; améliorer la science en cataloguant l'expertise et les infrastructures existantes, en définissant et en hiérarchisant les enjeux ; fournir un environnement intellectuellement attrayant pour les jeunes scientifiques et un forum de discussion pour tous
• sensibiliser le public aux enjeux et accroître la visibilité de la recherche sur la biodiversité marine en Europe : communiquer avec les décideurs politiques et les responsables politiques de l'UE (présentation des questions relatives à la biodiversité marine lors des réunions de la plateforme européenne pour la stratégie de recherche sur la biodiversité), liaison avec des organisations et des programmes mondiaux et diffusion d'informations auprès du grand public.