La Conférence des Parties est l'organe directeur de la Convention et fait progresser la mise en œuvre de la Convention grâce aux décisions qu'elle prend lors de ses réunions périodiques.

À ce jour, la Conférence des Parties a tenu 14 réunions ordinaires et une réunion extraordinaire (cette dernière, visant à adopter le Protocole sur la biosécurité, s'est déroulée en deux parties). De 1994 à 1996, la Conférence des Parties a tenu ses réunions ordinaires chaque année. Depuis lors, ces réunions se sont tenues un peu moins fréquemment et, à la suite d'une modification du règlement intérieur en 2000, elles se tiendront désormais tous les deux ans.

La quinzième session de la Conférence des Parties (COP 15) se tiendra à Kunming, en Chine, date à confirmer.