Le Comité pour la protection de l'environnement (CEP) a été créé par l'article 11 du Protocole sur l'environnement. L'article 12 dispose que les fonctions du Comité sont de « fournir des conseils et de formuler des recommandations aux Parties concernant la mise en œuvre du présent Protocole, y compris le fonctionnement de ses annexes, pour examen lors des réunions consultatives du Traité sur l'Antarctique ». La première réunion du Comité a eu lieu en 1998.

Le Comité est composé de représentants des Parties au Protocole sur l'environnement et se réunit normalement une fois par an dans le cadre de l'ATCM. Les réunions du CEP sont également suivies par divers observateurs.