Die Seen im Land und das hydrografische Netzwerk beeinflussen die Zunahme der biologischen Vielfalt des Landes. Drei der wichtigsten Seen, die Albanien mit den Nachbarländern teilt, sind der Shkodra-See, der Ohridsee und die Prespa-Seen (Makro und Mikro). Im Land gibt es auch etwa 247 natürliche Seen unterschiedlicher Art und Größe sowie eine beträchtliche Anzahl künstlicher Seen.