Tijdens de vierde bijeenkomst van de Conferentie van de Partijen (COP) in Bratislava, Slowakije, werd de binnenwateren als CBD-themagebied aangenomen. Het binnenwaterprogramma van de Conventie promoot de ecosysteembenadering, met inbegrip van geïntegreerd stroomgebiedbeheer, als de beste manier om de concurrerende vraag naar slinkende voorraden van binnenwateren met elkaar te verzoenen. Het is van essentieel belang dat het behoud van biodiversiteit wordt gezien als een cruciale vraag voor zoetwatergebruik en wordt beheerd in coördinatie met andere behoeften. Het programma identificeert de acties die de partijen moeten uitvoeren om de trend van biodiversiteitsverlies een halt toe te roepen, waaronder monitoring, beoordeling en evaluatie van de biologische diversiteit van binnenwaterecosystemen, het uitvoeren van milieueffectrapportages van waterontwikkelingsprojecten, de ontwikkeling van strategieën ter voorkoming van verontreiniging, het kiezen en gebruiken van geschikte technologie, en het bevorderen van grensoverschrijdende samenwerking, op ecosystemen gebaseerd beheer en de betrokkenheid van lokale en inheemse gemeenschappen op alle passende niveaus.

Het werkprogramma inzake de biologische diversiteit van binnenwaterecosystemen integreert met andere werkprogramma's en transversale vraagstukken, met name omdat zoet water de belangrijkste schakel is tussen veel verschillende ecosystemen en vraagstukken. Het bevordert ook de samenwerking met andere verdragen en organisaties door middel van gezamenlijke werkplannen, met name het Ramsar-verdrag inzake wetlands en het Verdrag inzake trekkende soorten.