De meren in het land en het hydrografische netwerk beïnvloeden de toename van de biologische diversiteit van het land. Drie zijn de belangrijkste meren die Albanië deelde met de buurlanden, het Shkodra-meer, het meer van Ohrid en de Prespa-meren (Macro en Micro). Er zijn ook in het land ongeveer 247 natuurlijke meren, van verschillende soorten en afmetingen, en een aanzienlijk aantal kunstmatige meren.