Les eaux intérieures ont été adoptées comme domaine thématique de la CDB lors de la quatrième réunion de la Conférence des Parties (COP) à Bratislava, en Slovaquie. Le programme relatif aux eaux intérieures de la Convention promeut l'approche écosystémique, y compris la gestion intégrée des bassins versants, comme le meilleur moyen de concilier les demandes concurrentes liées à la diminution de l'approvisionnement en eaux intérieures. Il est essentiel que le maintien de la biodiversité soit considéré comme une demande critique pour l'utilisation de l'eau douce et géré en coordination avec les autres demandes. Le programme recense les mesures que les Parties doivent prendre pour stopper la tendance à la perte de biodiversité, notamment le suivi, l'évaluation et l'évaluation de la diversité biologique des écosystèmes des eaux intérieures, la réalisation d'études d'impact environnemental des projets de mise en valeur des ressources en eau, l'élaboration de stratégies de prévention de la pollution, le choix et l'utilisation de technologies appropriées, et la promotion de la coopération transfrontalière, de la gestion basée sur les écosystèmes et de la participation des communautés locales et autochtones à tous les niveaux appropriés.

Le programme de travail sur la diversité biologique des écosystèmes des eaux intérieures s'intègre à d'autres programmes de travail et à des questions transversales, d'autant plus que l'eau douce est le principal lien entre de nombreux écosystèmes et problèmes différents. Il encourage également la coopération avec d'autres conventions et organisations par le biais de plans de travail conjoints, en particulier la Convention de Ramsar sur les zones humides et la Convention sur les espèces migratrices